Merkki symboloi sitä, mitä jooga on. Merkin perusmuotona on kolme ympyrää. Ympyrä kuvastaa ikuista ja ajatonta, jotain, millä ei ole alkua eikä loppua, ja samalla lempeyttä, pehmeyttä, lujuutta ja määrätietoisuutta. Ison ympyrän sisällä olevat kaksi ympyrää kuvaa ihmisen kaksinaisuutta, materiaalista ja ei-materiaalista. Näitä osapuolia voidaan tarkastella erikseen, mutta ne ovat silti sidoksissa toisiinsa, toisistaan riippuvaisia ja vuorovaikutuksessa. Suurin ympyrä symboloi universaalia ykseyttä, yhteyttä kaiken kesken, henkeä, joka sulkee sisäänsä kaksinaisuuden.
Materiaa kuvaavan vaakasuoran viivan ja henkeä kuvaavan pystysuoran viivan yhtymäkohdassa ihmisen inhimillinen, henkinen kasvu alkaa tietoisuuden kehittyessä vähitellen. Tätä kehitystä kuvastaa keskellä oleva kukka, joka vähitellen kasvaa ja avautuu hitaasti, huomaamattomasti, mutta varmasti.
Logon on suunnitellut Soilikki Suntola, ja se hyväksyttiin käyttöön vuonna 1984. Joogaliiton logoa käytetään Joogaliiton julkaisuissa ja tuotteissa sekä värillisenä että yksivärisenä.
